1、生物控制。将适量的水蚤投入池中，水蚤以小球藻为食，时间久了有抑制效果。请注意投入时池中不能存在以水蚤为食的鱼类。
2、盐度控制。小球藻是一种狭盐生物，对盐分浓度变化敏感，在水中加盐也能发挥一定的除藻效果。
3、使用除藻剂。使用硫酸铜等除藻剂，稀释后喷洒全池，次日更换水质1/2。有些除藻剂具有毒性，对鱼类、水草有危害，使用药品时要谨慎。
4、减少食物。控制饲料剂量，避免水体富营养化。在鱼塘里建遮阳棚，减少阳光直射，可以抑制小球藻的繁殖。
5、稳定水质。定期消毒，定期注入新水，部分更换底部污水，新水温度应与池水温度一致。
